- Biểu hiện: năng suất chất lượng giống giảm, xuất hiện nhiều tính trạng lặn gây hại cho cơ thể ...
- Tự phối kéo dài làm phân hóa các dòng thuần (trong đó có các thể đồng hợp lặn), làm giảm dần tỷ lệ kiểu gen dị hợp ---> tạo điều kiện cho các tính trạng lặn gây hại biểu hiện ra kiểu hình của cơ thể và làm giảm ưu thế lai.
- Vẫn dùng để tạo dòng thuần chủng, tạo vật liệu khỏi đầu cho quá trình tạo giống có ưu thế lai, củng cố đặc dính di truyền ổn định cho những tính trạng mong muốn.