Đặc điểm chung là:
- Cơ thể có kích thước hiển vi.
- Cơ thể chỉ là một tế bào nhưng đảm nhiệm mọi chức năng sống trong cơ thể.
- Dinh dưỡng chủ yếu là dị dưỡng.
- Sinh sản vô tính bằng cách phân đôi cơ thể.
Cơ thể động vật nguyên sinh là một tế bào nhân chuẩn nhưng các phần của tế bào phân hóa phức tạp thành các cơ quan tử để đảm nhận mọi chức năng sống của một cơ thể độc lập.