Ngành ruột khoang có quan hệ họ hàng gần gũi với ngành giun đốt hơn. Vì theo ý nghĩa của cây phát sinh thì các nhóm có cùng nguồn gốc, có vị trí gần nhau thì có quan hệ họ hàng gần nhau hơn. Thế nên dựa trên ý nghĩa của cây phát sinh thì ngành ruột khoang đều có cùng nguồn gốc và có vị trí gần với nghành giun đốt hơn