Trong tương lai, công nghệ vi sinh vật hướng đến: (1) chỉnh sửa, tạo đột biến định hướng các gene trong tế bào vi sinh vật; (2) tìm kiếm và khai thác các nguồn gene vi sinh vật; (3) thiết lập các hệ thống lên men lớn, tự động, liên tục và đồng bộ với công nghệ thu hồi; (4) xây dựng các giải pháp phân tích vi sinh vật tự động trong công nghiệp, nông nghiệp và xử lý môi trường.