Điều này làm giảm số lượng cá, cũng như sự đa dạng di truyền của các loài, khiến chúng dễ bị bệnh hơn và ít có khả năng thích nghi với các tác nhân gây căng thẳng của chúng và môi trường.[18] Ngoài ra, việc đánh bắt những con cá nhỏ hơn dẫn đến việc sinh sản những con nhỏ hơn, điều này có thể gây khó khăn cho cá. Ở nhiều loài, cá cái càng nhỏ thì khả năng sinh sản càng ít, ảnh hưởng đến quần thể cá.[19]
Đánh bắt cá có thể gây ra một số tác động tiêu cực về tâm sinh lý đối với quần thể cá bao gồm: tăng mức độ căng thẳng và tổn thương cơ thể do mắc phải lưỡi câu.[21] Thông thường, khi vượt qua ngưỡng này, hiện tượng trễ có thể xảy ra trong môi trường. Cụ thể hơn, một số xáo trộn sinh thái được quan sát thấy trong hệ sinh thái biển Biển Đen là do sự kết hợp của việc đánh bắt quá mức và các hoạt động khác có liên quan của con người gây ảnh hưởng xấu đến môi trường biển và hệ sinh thái.[22] Sự gián đoạn sinh thái cũng có thể xảy ra do việc đánh bắt quá mức các loài cá quan trọng như cá ngói và cá mú, những loài động vật được coi là kỹ sư hệ sinh thái.[23]
vì sao
Môi trường biển có thể bị hủy hoại bởi một số kĩ thuật đánh bắt cá nguy hiêm.Trong đó[5] Đánh bắt bằng thuốc nổ và đánh cá bằng xyanua, là bất hợp pháp ở nhiều nước,gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến môi trường xung quanh. Đánh cá bằng thuốc nổ làhoạt động sử dụng chất nổ để đánh bắt cá. Đánh bắt bằng xyanua làhoạt động sử dụng xyanua để gây choáng cho cá để đánh bắt. Hai hoạt động này phổ biến trong việc buôn bán cá cảnh và buôn bán cá sống. Những hoạt động này mang tính nguy hiểm bởi chúng ảnh hưởng đến sinh cảnh biển mà các san hô đang sống sau khi những con cá bị chết đi bởi hóa chất. Hoạt động kéo lưới đáy,một hoạt động kéo lưới đánh cá dọc theo đáy biển phía sau tàu lưới kéo,đã giết chết khoảng 5 đến 25% các sự sống dưới biển chỉ trong một lần chạy.[6] Hầu hết các tác động là do hoạt động đánh bắt cá thương mại.[7] Một báo cáo năm 2005 của Dự án Thiên niên kỷ Liên hợp quốc do Tổng thư ký Liên hợp quốc Kofi Annan ủy quyền đã khuyến nghị loại bỏ nghề đánh bắt kéo lưới đáy trên biển vào năm 2016 để bảo vệ các núi dưới đáy biển và các môi trường sinh thái nhạy cảm khác. Nhưng điều này đã không được thực hiện.