Phương pháp nghiên cứu của Menđen có các điểm độc đáo sau:
- Chọn các dòng thuần khác nhau bằng cách cho tự thụ phấn liên tiếp nhiều thế hệ dùng làm dạng bố mẹ đem lai.
- Theo dõi trước tiên kết quả di truyền của từng tính trạng qua vài thế hệ, trong đó thế hệ cây lai F1 sinh ra do giao phấn giữa hai dạng bố mẹ thuần chủng khác nhau, còn thế hệ cây lai F2 sinh ra từ sự tự thụ phấn của F1, rồi sau đó mới tiến hành nghiên cứu sự di truyền đồng thời của hai hoặc nhiều tính trạng.
- Khái quát và lí giải các kết quả thí nghiệm thu được bằng toán thống kê và xác suất.
- Kiểm tra lại một cách cẩn thận các giả thuyết bằng các phép lai thuận nghịch và lai phân tích.
