Vì ở thời Lê nho giáo rất phát triển và được ưa chuộng hơn,trong bối cảnh hệ tư tưởng thống trị của triều đình thời Lê sơ là nho giáo, phật giáo cùng các tôn giáo khác lâm vào cảnh tưởng chừng như suy tàn. Dưới thời Lê Thánh Tông, năm 1461 ban hành sắc lệnh “chùa quán nào không có ngạch cũ thì không được tự tiện làm mới”. Thời Lê sơ, muốn làm tăng nhân, nhà sư phải thi nhiều cuộc thi tuyển chọn lựa, phải làu thông kinh sử và tuổi tác trên năm mươi. Những cấm đoán của nhà nước như ban hành các đạo luật hạn chế phật giáo phát triển .
Các vua Lê từ Lê Thái Tổ trở đi rất sùng đạo Nho, dùng đường lối này làm tư tưởng chính thống để cai trị quốc gia.
Để tỏ sự tôn sùng Nho học, năm 1435, Lê Thái Tông sai Thiếu bảo Lê Quốc Hưng chọn ngày làm lễ cúng Khổng Tử ở Văn Miếu. Khoa thi tiến sĩ năm Nhâm tuất (1442) được xem là mốc quan trọng xác lập vị trí độc tôn của Nho học ở Việt Nam
Sang thời Lê Thánh Tông, Nho giáo đạt tới đỉnh cao thịnh vượng. Dù vẫn để tâm tới Phật giáo và Đạo giáo nhưng tư tưởng chủ đạo của Lê Thánh Tông là Nho giáo. Lê Thánh Tông đưa Nho giáo lên vị trí hàng đầu trong đời sống văn hóa tinh thần của thời đại. Để làm đời sống tư tưởng của xã hội quy về với Nho giáo, ông đã tìm cách "làm sáng tỏ đạo thánh hiền" khiến muôn người tin theo[3].
Trong giáo dục và thi cử, Nho giáo chiếm nội dung chủ yếu. Để tôn vinh Nho học, Lê Thánh Tông cho dựng bia tiến sĩ, những người đỗ từ năm 1442 tại nhà Thái học.
Nho giáo thời Hậu Lê áp dụng theo kiểu nhà Tống, còn gọi là Tống Nho. Năm 1467, ông đặt ra chức Ngũ Kinh bác sĩ, tức là chọn người giỏi giao cho nhiệm vụ nghiên cứu chuyên sâu về Ngũ Kinh để giảng cho học trò, truyền bá Nho giáo trong xã hội. Bản thân Thánh Tông cũng có học vấn khá cao về Nho học, ông thường cùng các quan lại bàn về Nho giáo trong lúc rỗi rãi. Ông đề cao "tam cương": quân thần, phụ tử, phu phụ (vua tôi, cha con, vợ chồng) và chữ "hiếu", ít bàn về phạm trù "nhân nghĩa"
