Việc bảo quản phân bón tại những nơi phù hợp để tránh ô nhiễm đất, nguồn nước, dụng cụ, thiết bị, vật liệu đóng gói và sản phẩm. Phân bón được bảo quản trong môi trường khô ráo và để cách khu vực chứa sản phẩm ít nhất 5m. Phân bón hữu cơ phải được để riêng, tách biệt với phân bón vô cơ để giảm nguy cơ nhiễm chéo. bảo quản phân bón ở nơi gần với giếng nước, nguồn nước mặt. Tránh tưới, bón phân hữu cơ trên phần ngọn của cây rau.cần tuân thủ thời gian cách ly phân bón như bón phân hữu cơ đã được xử lý triệt để và dừng bón trước thời điểm thu hoạch tối thiểu là 2 tuần