Năm 1545, Nguyễn Kim chết, con rể là Trịnh Kiểm được cử lên thay năm toàn bộ binh quyền. Người con thứ của Nguyễn Kim là Nguyễn Hoàng được cử vào trấn thủ Thuận Hoá, Quảng Nam.
Đầu thế kỉ XVII, cuộc chiến tranh giữa hai thế lực bùng nổ.
Trong gần nửa thế kỉ (từ năm 1627 đến năm 1672), họ Trịnh và họ Nguyễn đánh nhau bảy lần. Vùng đất Quảng Bình, Hà Tĩnh ngày nay trở thành chiến trường ác liệt. Cuối cùng, hai bên phải lấy sông Gianh (Quảng Bình) làm ranh giới, chia cắt đất nước, gọi là Đàng Ngoài (từ sông Gianh trở ra) và Đàng Trong (từ sông Gianh trở vào).