Lưu vực sông Đồng Nai hầu như phủ kín lãnh thổ Đông Nam Bộ. Do đất trồng cây công nghiệp chiếm tỉ lệ lớn, đất rừng không còn nhiều nên nguồn sinh thuỷ bị hạn chế. Như vậy, việc bảo vệ đất rừng đầu nguồn làm nguồn sinh thuỷ là rất quan trọng.
- Phần hạ lưu sông, do đô thị hoá và công nghiệp phát triển mạnh mà nguy cơ ô nhiễm nước cuối nguồn các dòng sông ngày càng mạnh mẽ. Từ đó suy ra phải hạn chế ô nhiễm các dòng sông ở Đông Nam Bộ.