Nguyên sinh vật thuộc nhóm Vi sinh vật nhân chuẩn (các sinh vật đơn bào nhân chuẩn có kích thước hiển vi), gồm có động vật nguyên sinh, vi tảo và vi nấm.
Lợi ích của Nguyên sinh vật:
- Lợi ích của động vật nguyên sinh: là thức ăn của các giáp xác nhỏ, là sinh vật ăn các vi khuẩn nên các động vật nguyên sinh có vai trò giữ cân bằng số lượng cá thể trong các quần thể vi khuẩn, đồng thời cũng là một yếu tố chỉ thị môi trường: số lượng và thành phần của các động vật nguyên sinh trong thủy vực phản ánh chất lượng nguồn nước và mức độ ô nhiễm. Một số loại động vật nguyên sinh sống cộng sinh trong ruột mối và dạ cỏ của trâu bò giúp trâu bò có thể tiêu hóa thức ăn chứa xenlulôzơ.
- Lợi ích của vi tảo: là thành phần của nhóm sinh vật sản xuất (mở đầu chuỗi thức ăn) ở các thủy vực, vi tảo cung cấp ôxi và thức ăn cho các động vật tiêu thụ như cá và các động vật thủy sinh. Vi tảo chứa nhiều chất dinh dưỡng, có thể nuôi cây để thu sinh khối cung cấp chất dinh dưỡng cho con người và vật nuôi. Vi tảo tiêu thụ bớt lượng muối khoáng dư thừa trong các vực nuôi trồng thủy sản, góp phần làm sạch môi trường.
- Lợi ích của vi nấm: Nấm men: tham gia quá trình chuyển hóa vật chất, phân hủy chất hữu cơ trong đất, được sử dụng trong công nghiệm sản xuất rượu bia, làm bánh, sản xuất thức ăn gia súc. Nấm mốc (nấm sợi): phân hủy chất hữu cơ trong đất, được sử dụng trong chế biến thực phẩm, làm tương, nước chấm, sản xuất rượu.
Nói chung, các Nguyên sinh vật có vai trò tham gia vào quá trình chuyển hóa vật chất, khéo kín các chu trình tuần hoàn vật chất trong tự nhiên, giữ cân bằng hệ sinh thái, phân hủy rác, sản xuất phân bón sinh học giúp bảo vệ môi trường, được sử dụng trong công nghiệp thực phẩm để sản xuất đồ uống, thức ăn,..
