Trong 1 cơ quan và giữa các cơ quan của cây có hoa có mối quan hệ chặt chẽ đã tạo cho cây thành 1 thể thống nhất.
Ví dụ: khi lá hoạt động yếu, thoát hơi nước ít thì sự hút nước của rễ cũng giảm, sự quang hợp của lá yếu không cung cấp đủ chất dinh dưỡng cho thân ,rễ; nên cây sinh trưởng chậm và ảnh hưởng tới sự ra hoa, kết hạt và tạo quả.
Mọi cơ quan của cây có hoa đều có cấu tạo phù hợp với chức năng của nó.Trong hoạt động sống của cây các cơ quan có mối quan hệ chặt chẽ với nhau về chức năng.Tác động vào một cơ quan sẽ ảnh hưởng tới hoạt động của cơ quan khác và toàn bộ cây.