Kết quả của nhiều nghiên cứu xâm nhập mặn vùng ĐBSCL từ 1980 đến nay cho thấy chiều dài xâm nhập mặn vào cửa sông phụ thuộc chặt chẽ bởi 6 yếu tố là (1) Dòng chảy kiệt từ thượng nguồn sông Mekong; (2) Khả năng trữ nước cuối mùa lũ của vùng ĐBSCL; (3) Diễn biến mực nước ven biển; (4) Tình trạng sử dụng nước ở ĐBSCL; (5) Hình dạng lòng sông vùng cửa và (6) Diễn biến mưa đầu mùa mưa. “Gió chướng” cũng là một trong những nguyên nhân đẩy mặn lên cao hơn, song hiện tượng này chỉ mang tính “tình thế” nên chỉ được xem xét trong từng trường hợp cụ thể.
Nguyên nhân trước hết là phần lớn các tỉnh, thành phố khu vực ĐBSCL có cao độ tự nhiên thấp. Đây là điểm yếu dễ bị tổn thương nhất do lũ lụt và xâm nhập mặn. Tình trạng xây dựng thủy điện và các hoạt động khai thác tài nguyên nước thượng nguồn sông Mê Công gây thiếu hụt nguồn nước về hạ lưu, kết hợp với yếu tố nước biển dâng đẩy mặn sâu vào nội đồng.
