Cuộc bầu cử đa sắc tộc đầu tiên ở Nam Phi với quyền bỏ phiếu được trao cho tất cả mọi người đã diễn ra vào ngày 27 tháng 4 năm 1994. ANC giành được 62% số phiếu bầu, và Mandela, với vai trò là lãnh đạo ANC, đã nhậm chức làm Tổng thống da đen đầu tiên của Nam Phi vào ngày 10 tháng 5 năm 1994, de Klerk của Đảng Quốc gia là phó tổng thống thứ nhất và Thabo Mbeki là phó tổng thống thứ hai trong Chính phủ Thống nhất Quốc gia. Với vị trí là Tổng thống từ tháng 5 năm 1994 cho đến tháng 6 năm 1999, Mandela đã chủ trì sự chuyển giao từ quyền lực của thiểu số và chủ nghĩa apartheid, giành được sự tôn trọng của quốc tế đối với những nỗ lực hòa giải quốc gia và thế giới của ông. Mandela đã khích lệ những người Nam Phi da đen ủng hộ cho đội Springbok (đội tuyển rugby quốc gia Nam Phi) trước đây bị dân chúng ghét bỏ khi Nam Phi tổ chứcCúp Rugby Thế giới 1995. Sau khi Springbok giành chiến thắng trong trận chung kết trước New Zealand, Mandela đã trao cúp vô địch cho đội trưởng Francois Pienaar, một người Afrikan, trên người mặc chiếc áo đấu Springbok với con số 6 của Pienaar sau lưng. Hành động này được xem là bước tiến lớn của sự hòa giải giữa người Nam Phi da trắng và da đen.
Sau khi nhậm chức tổng thống, một trong những dấu hiệu đặc trưng của Mandela là chiếc áo Batik của ông, còn được biết đến với cái tên "Áo Madiba", kể cả trong những sự kiện long trọng. Trong hành động quân sự đầu tiên sau thời kỳ apartheid của Nam Phi, Mandela đã ra lệnh cho quân đội xâm nhập lãnh thổ Lesotho vào tháng 9 năm 1998 để bảo vệ chính quyền của Thủ tướng Pakalitha Mosisili. Vụ việc này diễn ra sau một cuộc bỏ phiếu gây tranh cãi trong đó lực lượng phản đối đã đe dọa đến chính quyền thiếu ổn định này. Những nhà bình luận và phê bình trong đó có cả các nhà hoạt động vì AIDS như Edwin Cameron đã chỉ trích Mandela vì sự thiếu hiệu quả của chính quyền ông trong việc ngăn chặn cuộc khủng hoảng AIDS. Sau khi nghỉ hưu, Mandela thừa nhận rằng ông đã thất bại vì đã không chú ý nhiều hơn đến bệnh dịch HIV/AIDS. Mandela từ đó đã có một số bài phát biểu chống lại bệnh dịch AIDS.
Mang ý nghĩa đặc biệt : xóa bỏ nạn phân biệt chủng tộc sau 3 thế kỉ
