- Khả năng phân hủy các chất hữu cơ của vi sinh vật như như: cellulose, tinh bột, protein, lipid, pectin, chitin,... có trong môi trường là cơ sở để con người ứng dụng chúng để xử lí ô nhiễm môi trường.
- Ví dụ:
+ Sử dụng vi khuẩn Clostridium thermocellum để phân huỷ rác hữu cơ.
+ Sử dụng chế phẩm EM (gồm hỗn hợp các vi khuẩn quang hợp, vi khuẩn lactic, vi khuẩn Bacillus subtilis, vi khuẩn Bacillus mesentericus, vi khuẩn Bacillus megaterium, xạ khuẩn và nấm men) để xử lí các bãi rác chôn lấp bằng phương pháp kị khí,..
+ Chế phẩm Bio-EM chứa các vi sinh vật Bacillus sp., Lactobacillus sp., Streptomyces sp., Saccharomyces sp., Aspergillus sp., Nitrobacter sp., Nitrosomonas sp.,... giúp phân huỷ các chất hữu cơ trong môi trường nước.