1. Một số dạng đột biến cấu trúc NST có thể được ứng dụng trong chọn giống để đem lại lợi ích cho con người:
- Đột biến mất đoạn NST có thể được ứng dụng để loại bỏ một gene có hại ra khỏi hệ gene ở thực vật.
- Đột biến chuyển đoạn NST có thể được ứng dụng để thay đổi vị trí của gene trên NST. Ví dụ: Các nhà khoa học đã sử dụng đột biến chuyển đoạn NST để chuyển gene quy định màu trứng của tằm dâu từ NST thường sang NST giới tính.
- Đột biến lặp đoạn NST được ứng dụng để tăng số lượng sản phẩm của gene. Ví dụ: Ở đại mạch có đột biến lặp đoạn làm tăng hoạt tính của enzim amilaza, rất có ý nghĩa trong công nghiệp sản xuất bia.
2. Đột biến cấu trúc NST dù dạng nào cũng có thể làm mất cân bằng hệ gene và gây hại cho thể đột biến như giảm sức sống, giảm khả năng sinh sản hoặc gây chết. Trong đó, đột biến mất đoạn NST dẫn tới mất vật chất di truyền nên thường gây hại cho sinh vật. Ví dụ: Ở người, đột biến làm mất một đoạn trên cánh ngắn của NST số 5 gây hội chứng mèo kêu.